研究所非常重视对外交流合作。近年来，我所与中国科学院的海洋所、水生生物研究所、南海海洋研究所，中国水产科学院的黄海水产研究所及南海水产研究所，国家海洋局的几个研究所，中国海洋大学、厦门大学、上海海洋大学、广东海洋大学、中山大学、暨南大学、浙江大学、南京农业大学等国内科研机构和大学的专家学者建立了学术交流与合作关系；同时，也与美国、英国、日本、德国、加拿大、法国、意大利、阿根廷、匈牙利等国家的专家学者进行交流合作。此外，我所还聘请国内外的一些高水平专家学者担任省重点实验室的学术委员或顾问教授、客座教授等。通过这些交流合作，为我所带来了先进的科学知识、科学理念、科学思维和科研手段，对加强学科建设、提高教学科研水平及对外联系等发挥重要作用。