教育背景
2011/09-2016/06 吉林大学 计算机科学与技术学院 博士
2008/09-2011/06 吉林大学 计算机科学与技术学院 硕士
2004/11-2006/07 吉林大学 生命科学学院 生物技术第二学位
2004/09-2008/06 吉林大学 计算机科学与技术学院 本科
2014/07-2014/12 东芬兰大学 健康科学学院 交换生
2010/08-2011/02 东芬兰大学 健康科学学院 交换生
工作经历
2016/07-2019/06 澳门大学 健康科学学院 博士后研究员
2019/06-2023/07 汕头大学 工学院 副教授
2023/07-至今 汕头大学 数学与计算机学院 副教授
主要业绩
主持科研项目4项，参与9项（含教改项目1项），其中包括主持国家级1项，省级1项。发表期刊论文45篇，其中SCI论文43篇（含3篇高被引论文）。申请专利1项，取得著作权软件3项。担任广东省卫生信息网络协会副会长、CCF生物信息学"BIO-3NEW"青年学者执委会委员。在《Briefings in bioinformatics》、《EBioMedicine》、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》等国际知名期刊上发表多篇论文，并担任《The Lancet Infectious Diseases》、《Briefings in bioinformatics》、《BMC Systems Biology》等杂志审稿人。
主讲课程
《数据结构与算法》、《数据可视化》
代表性论文
[1] Liu Y, Wang C, Wang Z, Chen L, Li Z, Song J, Zou Q, Gao R, Qian B-Z, Feng X, Guan R, Yuan Z. High-Parameter Spatial Multi-Omics through Histology-Anchored Integration[J]. Nature Methods, 2025.
[2] Zhuang M, Yan W, Xiong Y, Wu Z, Cao Y, Sanganyado E, Siame B A, Chen L*, Kashi Y, Leung K Y*. Horizontal plasmid transfer promotes antibiotic resistance in selected bacteria in Chinese frog farms[J]. Environment International, 2024, 190: 108905.
[3] Chen Y, Liang X, Du W, Liang Y, Wong G, Chen L*. Drug–Target Interaction Prediction Based on an Interactive Inference Network[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2024, 25(14): 7753.
[4] Chen L, Wang C, Sun H, Wang J, Liang Y, Wang Y, Wong G. The bioinformatics toolbox for circRNA discovery and analysis[J]. Briefings in Bioinformatics, 2021, 22(2): 1706～1728. （CCF-B, 2022至2026年ESI高被引论文）
[5] Chen L, Heikkinen L, Wang C, Yang Y, Sun H, Wong G. Trends in the development of miRNA bioinformatics tools[J]. Briefings in Bioinformatics, 2019, 20(5): 1836～1852. （CCF-B, 2022至2026年ESI高被引论文）
[6] Zhang T, Chen L, Li R, Liu N, Huang X, Wong G. PIWI-interacting RNAs in human diseases: databases and computational models[J]. Briefings in Bioinformatics, 2022, 23(4): bbac217. (CCF-B)
[7] Zhuang M, Achmon Y, Cao Y, Liang X, Chen L, Wang H, Siame B A, Leung K Y. Distribution of antibiotic resistance genes in the environment[J]. Environmental Pollution, 2021, 285: 117402. （2022至2026年ESI高被引论文）
[8] Wang C, Chen L, Zhang M, Yang Y, Wong G. PDmethDB: A curated Parkinson’s disease associated methylation information database[J]. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2020, 18: 3745～3749.
[9] Wang C, Chen L, Yang Y, Zhang M, Wong G. Identification of potential blood biomarkers for Parkinson’s disease by gene expression and DNA methylation data integration analysis[J]. Clinical Epigenetics, 2019, 11(1): 24.
[10] Chen L, Sun H, Wang C, Yang Y, Zhang M, Wong G. miRNA arm switching identifies novel tumour biomarkers[J]. eBioMedicine, 2018, 38: 37～46.
代表性项目
1. 国家自然科学基金青年科学基金项目，62002212，关于阿尔茨海默病非编码RNA生物标志物挖掘的研究，2021/01-2023/12，主持
2. 广东省自然科学基金-面上项目，2025A1515012810，基于深度学习的泛神经退行性疾病多组学数据整合研究，2025/01-2027/12，主持
3. 国家自然科学基金面上项目，2373177，质粒水平转移对牛蛙养殖场中耐药基因组的形成、演化和防治研究，2024/01-2027/12，参加
4. 国家科技重大专项，2024ZD0529106，睡眠呼吸障碍疾病新型诊疗技术与综合管理模式研究（子课题：基于SDB多治疗精准队列的疗效预测模型构建及综合治疗模式建立与评价），2025.02-2029.01，参加
研究方向简介
主要研究方向机器学习、生物大数据分析、数据整合与挖掘、疾病生物标志物挖掘、非编码RNA、宏基因组数据分析等。长期从事基于生物医学大数据的精准医学、基因组学方法学的研究，开发相应的生物信息学工具和数据库。
指导研究生情况
研究生毕业去向：1）知名IT公司和企业：出海、京东、腾讯云、趣拿软件、小米、汕头超声、赢时胜等；2）公务员：党校和自然资源局等
ORCID ID/Scopus Author ID/Web of Science ResearcherID
0000-0001-6644-477X/59670923900/Y-4460-2018
